劣质纸杯采用再生聚乙烯，在再加工过程中会产生裂解变化，产生许多有害化合物，在使用中更易向水中迁移。华南农业大学食品学院食品包装材料方面的专家张钦发教授曾指出，纸杯在生产中为了达到隔水效果，会在内壁涂一层聚乙烯隔水膜。聚乙烯是食物加工中最安全的化学物质。但如果所选用的材料不好或加工工艺不过关，在聚乙烯热熔或涂抹到纸杯过程中，可能会氧化为羰基化合物。羰基化合物在常温下不易挥发，但在纸杯倒入热水时，就可能挥发出来，从一般理论上分析，长期摄入这种有机化合物，对人体有害，可能有致癌危险。
　　“杯口处无印刷是对消费者的保护。”国际食品包装协会常务副会长兼秘书长董金狮称，目前国内没有食品级油墨的概念，也没有可用于接触食品的印刷油墨。喝水时嘴唇接触杯口，印刷图案里的油墨可能会被摄入，尤其是含苯油墨对健康更不利，可能成为致癌因素。同时在套杯子时，杯子底部有印刷图案，也容易把颜色蹭到另一个杯子的内壁上，因此底部也要求不能有印刷。
　　原材料上，为避免有毒溶剂的产生，国标规定，纸杯不应有异味，不应使用回收材料，原材料使用的添加剂应符合规定，荧光增白剂、工业石蜡、工业滑石粉等不在GB 9685范围内的添加剂不能用于生产加工纸杯。