沼气发酵的实质是沼气微生物的生命过程，而微生物的生命过程受到各种各样的因素影响和制约，因此在运行过程中，必须注意如下事项。

1、禁止把电石，各种剧毒农药、有机杀菌剂、抗菌素，刚喷了农药的作物茎叶，刚消过毒的禽畜粪便；能作土农药的各种植物，如大蒜、桃树叶、百部、皮皂子嫩果、马钱子果；重金属化合物、盐类，如电镀水等投入沼气池。如发生上述情况，应将池内发酵料液全部出净，将池子清洗后再重新进料启动。

2、禁止把油枯、骨粉和磷物质加入沼气池内，以防产生剧毒的磷化三氢气体，给入池出料检修人员带来危险。

3、加入的秸秆类和青草原料过多时（浮罩式沼气池严禁加入秸秆类原料），应同时加入适量石灰水和接种物，防止产酸过多发生酸中毒。发酵过程中发生的酸中毒，有时是进料过多引起的。一般一个10 m3的上流式浮罩沼气池，每天进料量不要超过12头猪（或4头牛）一天的粪便量；而水压式沼气池每天进料量控制在6头猪的粪量为好。

4、防止碱中毒。碱中毒一般发生在人为的加入碱性质过多，如石灰水等，使料液中PH值超过8.5，这时沼气发酵被抑制。

5、防止氨中毒。当加入池内的原料含氮量过高，或者发酵料液浓度过大时很易发生，因此在发酵过程中应注意含氮高的原料（猪、人、鸡粪便）与含氮量低的原料（牛、羊、马粪便）相搭配，同时在正常发酵时，保持适宜的发酵浓度，并定期进行出料排渣，使发酵料液中氨的积累减少，从而保证正常发酵。