在横断山脉的高山深谷中，森林茂密，植被极为丰富，南来北往的平分秋色野生动物也多。外国专家称"横断山系全世界的动植物分化中心之一。

"据有关部门统计，昌都境内有国家一级重点保护动物17种，二级重点保护运球54种，其它常见动物400余种。高等植物1000余种。尤其值得一提的是昌都境内有二处自治区重点自然保护区。芒康滇金丝猴自然保护区面积为1853平方公里。据了解，目前，滇金丝猴在世界上数量仅存1千多只，而在芒康的自然保护区内，约有600多只金丝猴。类乌齐长毛岭马鹿自然保护区，总面积约为637平方公里。

保护区内有国家和自治区重点保护的野生动物近30种，野生的马鹿约有1千余头。为了自然驯化马鹿，早在70年代，在该区那登通的草原上，建起了西藏第一处，也是至今唯一的马鹿自然驯化场地。鹿场围圈面积约3.6平方公里，饲养野生马鹿120余头。在离昌都镇40公里左右的朱角山上，德国专家发现了成片的古柏树，据他们测试和研究后认为这处古柏树距今1200多年。这对于研究当时的气候和生物发展史有着重要的研究价值。1976年，由中科院青藏高原综合考察队古脊椎动物组，在昌都大野乡境内，发掘了五处恐龙化石和鱼类化石，在海拔4200米以上发现恐龙化石，不仅在我国是头一次，在世界上也是首次发现的。