慈云禅寺，原名慈云庵，始建于明万历二十年（公元1592年），清初为清江浦（今淮安市区）六大古寺中规模最大、香火最盛的一座寺院，雍正年间奉旨更名为慈云寺，为中国佛教大丛林之一。

据史记载，清康熙十四年（公元1675年），对顺治皇帝一生有重要影响的佛学老师—玉琳国师，南下云游挂单慈云庵，是年八月十日于慈云庵圆寂。此后（1733年），雍正皇帝下诏寻访，得知玉琳国师的裔钵安葬在慈云庵，遂于雍正十三年（公元1735年），以慈云庵系玉琳国师圆寂之所，诏拨淮关银照大丛林式兴建，置香火地，命内务大臣、淮关监督年希尧监建此寺，钦赐《慈云禅寺》匾额，改庵为寺。

乾隆四年（公元1739年），慈云禅寺扩建完工，历时四年多。乾隆四十五年（公元1780年），乾隆皇帝南巡，曾到寺内瞻礼，钦赐《慧照常园》匾额悬于大雄宝殿之上。并留下《慈云寺瞻礼》的诗文，诗云：“招提久建运河濆，题额依然印圣文。为阐宗风期悟徹，重临南国致瞻勤。几番掖辇明如幻，一响登云忽不欣。已是拊膺思昔日，那堪翘首望慈云。”乾隆四十九年（公元1784年），乾隆皇帝再次南巡，复来慈云寺瞻礼，钦赐“绿丝红梅犹假色，行云流水是真诠”的联句。这种荣耀，为一般寺庙所不见。

注一：《清宫秘档中的淮安园林》资料载：年希尧曾在雍正十三年八月十六日《奏报清江慈云庵工程进展情形并请另赐佳名折》中提出：“至慈云庵应否另赐佳名于山门前皇石镌刻，微臣未敢擅便，理合先行奏折请旨，伏祈皇上睿鉴施行。”雍正帝阅后批道：“所请寺名，俟工程竣日再奏请旨。”但雍正帝批后不久就突然患病，于八月二十三日去世。而此时慈云寺扩建工程尚未竣工，故雍正皇帝不可能亲题匾额。因此淮安一些地方史料中所说的“钦赐匾额”应为乾隆皇帝，雍正帝所题之说难以立足。

注二：据《淮关志》和《淮阴市土地管理志》记载，清雍正十三年，于阜宁陈家浦置香火地38顷零58亩；乾隆二十六年，领呈外河石码头滩地2顷零50亩3分；又由海神庙划归田63亩。可见当年慈云禅寺的地位与规模。

及至清末，国运日衰，慈云禅寺亦是如此。嘉庆十年（公元1805年），水毁清河县衙，县衙被迫借驻寺内，直至嘉庆十八年（公元1813年）,由知县龚京正修复旧署方迁出，此时慈云禅寺已失昔日辉煌。同治元年（公元1862年），慈云禅寺住持静修法师以道场荒芜，引以为忧，乃矢志兴复，集资重建。但始终处于半寺半衙状态（同治年间，李鸿章的淮军转运局寄于寺中）。光绪三十年（公元1904年），地方士绅借寺房办“普惠粥厂”（借慈云禅寺房屋36楹）赈济灾民，佛门圣地成灾民喝粥的场所。光绪三十二年（公元1906年），江苏提督刘永庆在寺中办“江北警察员弁学堂”，又将警察分局设在寺内。民国七年（公元1918年），军阀混战，慈云寺的大雄宝殿毁于战火。

二十世纪六十年代，受文化大革命破四旧运动的影响，慈云寺被市五金公司用为库房，时寺院仅存天王殿、藏经殿、国师殿及部分罗汉堂。

文革结束后，祖国欣逢盛世。

基础设施方面：1988年，淮阴市政府决定将五金公司仓库从寺内搬出。1989年，天王殿收回，由市佛教协会筹备组修复使用。1993年，藏经殿、国师殿、罗汉堂重归佛门。1994年，修缮一新的慈云禅寺重新对外开放，时中国佛教协会会长赵朴初为慈云禅寺题写了匾额。2008年，淮安市委，市政府在慈云禅寺召开专题会议，研究慈云寺整体规划建设问题，并形成会议纪要；同年10月，慈云寺一期工程开工。2009年，慈云禅寺一期工程竣工，举行“一期工程落成暨佛像开光典礼”。2010年，礼请了界内大德，书法大家题写楹联、匾额。2011年，邀请福建工匠再次对寺院进行大规模维修。2014年，在淮安市政府的关心支持下，高62米的九层国师塔破土动工；次年底，国师塔主体工程竣工；2016年5月3日，淮安慈云禅寺隆重举行国师塔落成暨佛像开光庆典。2015年，慈云禅寺二期扩建工程开工，次年顺利竣工；同年，慈云禅寺下院青龙寺建设项目开工。

机构建设方面：1986年2月，江苏省人民政府行文批复，同意慈云禅寺修复开放，并列为省重点寺庙。1987年9月，淮阴市人民政府发文，将慈云寺列入淮阴市第一批文物保护单位。1990年，应淮阴市政府之请，觉顺法师由南京来淮，主持慈云寺事务。2004年，觉顺法师圆寂。次年，由省佛教协会副会长果光大和尚任淮安慈云寺方丈。2009年5月，慈云禅寺被评为江苏省“模范宗教活动场所”；次年，被评为淮安市消防工作先进单位；2011年被评为江苏省创建和谐寺观教堂先进集体；2015年，被江苏省档案局评为省档案建设“三星级”单位；2016年又获得省宗教局授予的“四星级”宗教场所荣誉称号。

2019年8月慈云禅寺图书馆、抄经处经过精心准备正式对外开放。

玉琳国师，生於明神宗万历42年(岁次甲寅)4月20日(公元1614年5月28日)申时，江阴人氏、俗姓杨、讳通琇，自幼皈依佛门、潜心修行、后为浙江武康名僧，法号通琇、字玉林、世称玉琳国师。

据历史资料记载，清顺治十五年（公元1658年），清世祖福临（顺治皇帝）召当时的武康（今浙江省德清县）名僧玉琳进京，对之“慰劳优渥”，送居万善殿，不时前往“临访道要”，赐号“大觉禅师”，后晋封“大觉普济能仁国师”。康熙十四年（公元1675年），玉琳国师南游，止于（清江浦）慈云庵，八月十日说偈趺坐而逝，享年六十二岁。

玉琳国师圆寂后，在整理玉琳国师遗物时发现了一把纸扇，两封遗书。这把纸扇上赫然写着“如朕亲临”四个大字，并有“玉琳国师赐存”的字样，下钤顺治皇帝玺印；两封遗书是分别写给正觉山玉岚师兄和千华庵醒群师妹的。

此后，雍正皇帝得知玉琳国师的裔钵安葬在慈云庵，于是诏拨淮关银照大丛林式兴建，置香火地，命内务大臣、淮关监督年希尧监建此寺。乾隆四年（公元1739年），慈云禅寺扩建完工，钦赐《慈云禅寺》匾额，改庵为寺。

1995年，慈云禅寺僧众在院内挖出残碑一块，碑中尚存230多字，记载了玉琳国师圆寂后，重建慈云禅寺的史实。同年，慈云禅寺参照玉琳国师的画像着手重塑国师圣像。1996年，完成玉琳国师圣像的彩绘，为国内迄今唯一的一座玉琳国师的塑像。此后，历经二十年，奔波于北京、南京、宜兴磬山崇恩寺、天目山禅源寺等地，着手收集、整理有关玉琳国师的资料、文物，从而为研究慈云禅寺、玉琳国师及重建国师塔奠定了基础。

2008年，时任市委书记丁解民在慈云禅寺规划建设的会议上，提出重建国师塔的设想。此后经过多次研讨、论证、审图，2014年在淮安市委、市政府的领导、关心与统一指挥下，顺利完成了国师塔建设用地的拆迁工程。2014年7月21日，高62米的九层国师塔破土动工。2015年底，国师塔竣工。2016年5月3日，隆重举行国师塔落成暨佛像开光庆典。